Esta civilización ha existido desde hace milenios y, naturalmente, pasó por diferentes épocas marcadas por los distintos nombres que los habitantes de las profundidades le dieron a su hogar en cada era.
Todas estas etapas que exploró Enkanomiya a través de su extensa historia se explican a continuación, teniendo su nivel de complejidad, por lo que las abordaremos tanto juntas como por separado. Podemos dividirlas en cinco extensas fases.